Zeferino Nandayapa era experto en la marimba. Empezó a tocarla a los tres años, cuando su padre, Norberto Nandayapa, constructor de marimbas, le hizo una para que jugara. Cuatro años después, el pequeño ya interpretaba sus primeras melodías.
Nació en Copainalá, Chiapas, el 26 de agosto de 1931. Antes de cumplir diez años formó parte del grupo "Los muchachitos".
Se trasladó a Ciudad de México para estudiar en el Conservatorio Nacional de Música, que en ese entonces dirigía Blas Galindo y en el que Carlos Chávez fungía como profesor. Hay quienes dicen que quería estudiar la carrera de Dirección de orquesta; otros aseguran que le interesaba la carrera de piano y que, como no tenía uno, preparó sus lecciones de piano en la marimba.
Tocó temas de Bach y Mozart en ese instrumento.
En 1956 ya tenía su propio grupo de marimba, Maderas Chiapanecas, y dos años más tarde fundó la Marimba Nandayapa.
En 1972 interpretó una versión de la Tocata y fuga en re menor, BWV 565, de Bach, en el marco de los Juegos Olímpicos de Múnich 1972.
Zeferino también tocó con la Orquesta Sinfónica de México, dirigida por Carlos Chávez, y grabó en la XEW con Agustín Lara y Toña La Negra; además, participó en todas las películas de El Santo, con el vibráfono en las escenas de misterio.
A nivel internacional, ofreció conciertos en el Carnegie Hall de Nueva York y participó como ejecutante con la Orquesta Filarmónica Real de Londres y en la Orquesta Sinfónica de la Comunidad de Madrid en España.
Además compuso varias piezas: Chiapas, que fue interpretada por la Orquesta Sinfónica de Xalapa y Fantasía profana, de tres movimientos: el primero de jazz y bossa nova; el segundo, una balada lenta, titulada Fidelidad, y el tercero, la samba Soctón Nandalumí, nombre original de Chiapa de Corzo.
En 1990 fue nombrado Hijo predilecto de Chiapa de Corzo, Chiapas, y seis años después fue reconocido con el Premio Nacional de Ciencias y Artes en en la rama de Artes y Tradiciones populares.
El músico también recibió la Medalla de la Paz de la ONU y La Lira de Oro, del Sindicato Único de Trabajadores de la Música.
Murió el 28 de diciembre de 2010 en Tlalnepantla, Estado de México.
A principios de ese año se había decidido que cada 9 de febrero se celebraría el Día de la Marimba Zeferino Nandayapa.
Zeferino Nandayapa ingresó al salón de la fama de la Sociedad de Artes Percusivas de Indianápolis en noviembre de 2017. Es el quinto marimbista en ingresar a este salón y el primer latinoamericano en hacerlo. También es el primero que tocaba una marimba artesanal diseñada para ser ejecutada por varias personas a la vez.